Struktur bestemmer funktion. Hovedmekanismen for antibakteriel og bakteriostase af planteekstrakter er dens stærke hydrofobicitet i struktur. Planteekstrakter kan få bakteriecellemembranen og phospholipidstrukturen på mitokondrierne til at adskille, beskadige cellestrukturen, forbedre cellemembranens permeabilitet, hvilket resulterer i lækage af intracellulære ioner og indhold, og derefter føre til bakteriel celledød. F.eks. Kan klorogensyre ekstraheret fra kaprifoliumekstrakt kombineres med cellemembranen i Escherichia coli, hvilket øger cellemembranens permeabilitet og indholdet af alkalisk fosfatase i den behandlede Escherichia coli -bakterievæske øges, og beskadigelsen af Escherichia coli -celler øges nået omkring 40%.
Planteekstrakter kan også dræbe bakterier ved at hæmme syntesen af bakterielt peptidoglycan for at skade bakteriens morfologi, såsom Cylindroma -rodekstrakt. Derudover omfatter dets antibakterielle mekanisme også ødelæggelse eller nedbrydning af bakteriel cellevæg, ødelæggelse af cellens plasmamembran og ødelæggelse af cellemembranproteinstruktur, men kan også gøre den bakterielle cytoplasma -aggregering, cellens protonbevægelse svækket og kan også forbedre tarmens epitelforsvarsfunktion for at spille effekten af bakteriel infektion. For eksempel kan berberinhydrochlorid gøre α-hæmolysin-cellerne udskilt af S. aureus forvrænget og deformeret, hvilket gør celleoverfladen ujævn og lækker næringsstoffer og genetisk materiale. Et stort antal eksperimentelle undersøgelser har bekræftet, at den antibakterielle virkning af enkelte aktive komponenter ikke er så god som for hele planteekstraktet, hvilket indikerer, at virkningerne af hver komponent i planteekstraktet in vivo er gensidigt fremmende.
Forskellige planteekstrakter regulerer tarmfloraen på forskellige måder. Nogle kan direkte hæmme skadelige bakterier på forskellige måder, mens nogle kan fremme væksten af probiotika og indirekte hæmme reproduktionen af skadelige bakterier. Nogle komponenter i planteekstrakter, såsom oligosaccharider, har indlysende probiotiske virkninger, som kan fremme vækst og reproduktion af gavnlige bakterier, såsom bifidobacterium og mælkesyrebakterier in vivo og in vitro, og i sidste ende øge antallet af gavnlige bakterier, samtidig med at antallet reduceres af skadelige bakterier. For eksempel kan Yucca shidigero -ekstrakt reducere antallet af skadelige bakterier, såsom Bacteroides og Eubacteria, og øge antallet af Helicobacter i tarmkanalen hos slagtekyllinger. Aloe Vera -ekstrakt kan reducere dødsfald forårsaget af salmonellainfektion og antallet af salmonella i tarmkanalen hos slagtekyllinger. Purslane -ekstrakt kan reducere antallet af Escherichia coli i cecum og øge antallet af Lactobacillus og Bifidobacterium.
